Minicircle-DNA
Minicircle-DNA besteht nur aus dem spezifischen gene of interest und einem sehr kurzen Sequenzabschnitt, der als Rest des spezifischen Herstellungsverfahrens unvermeidlich im Minicircle verbleibt. Im Vergleich zu typischer Plasmid-DNA mit einem als „backbone“ bezeichneten allgemeinen Teil, der die Gensequenz zur Selektion (z.B. gegen Antibiotika) enthält und dem so genannten origin of replication (ori; zur Replikation der Plasmide in E. coli-Zellen), sind Minicircle extrem klein – z. T. nur halb so groß wie Plasmide. Da die backbone-Sequenzen typische Motive prokaryontischer DNA aufweisen und darüber hinaus auch anders methyliert sein können (CpG-Motive), wirken sie sich störend bei der Transfektion eukaryontischer Zellen aus. Wie Qualitätskontrollen zeigen, führt die bei der Minicircle-Herstellung durch PlasmidFactory durchgeführte chromatographische Aufreinigung zu höchster Reinheit der Minicircle-DNA, die im Bereich der Qualität von ccc Grade DNA liegt. Für die Reproduzierbarkeit experimenteller Daten ist es absolut notwendig, hochreine DNA einzusetzen, denn bereits kleinste Kontaminationen können zu erheblichen Artefakten im Experiment führen.